يتولى قسم الرواتب تنفيذ الاختصاصات التالية :

1- إعداد الكشوف الخاصة بمشروع ميزانية الباب الأول للهيئة بالتنسيق مع مراقبة الشئون الإدارية وديوان الموظفين وقسم المحاسبة والميزانية بالإدارة .

2- مسك السجلات المالية وبطاقات الرواتب الخاصة بالموظفين وتدوين جميع البيانات الإدارية والمالية المرتبطة بالموظف .

3- إعداد كشوف الرواتب شهرياً وتحويلها للبنوك المحلية المختلفة مع إعداد استمارات القيد الخاصة بها .

4- صرف الاجازات الدورية والمكافآت المختلفة المستحقة للموظفين .

5- إعداد الخصومات التي تتم من رواتب الموظفين الشهرية وتحويلها للجهات المستحقة لها .

6- إدخال البيانات المالية الخاصة بالنظام الآلي للأنظمة المالية المتكاملة لوزارة المالية .

7- متابعة التغيرات التي تطرأ على المرتبات والعلاوات بأنواعها لجميع العاملين بالهيئة .

8- إعداد كشوف التسويات الشهرية بالتعديلات وإبلاغها لمركز المعلومات الآلي بوزارة التخطيط .

9- إعداد كشوف الرواتب وتحويلها للبنوك مع إعداد استمارات القيد الخاصة بها .